Stres ve aromaterapi arasında karşılıklı bir ilişki olduğunu söylemiştik. Özellikle amigdalanın stres üzerindeki etkisi büyüktür. Zira kendisi duygular, duygusal davranışlar ve motivasyonla ilgili bölgedir. Korku, kaygı, saldırganlık üzerinde önemli rolü vardır. Stres faktörünün beyinde ilk tanımlandığı yerdir.